En gigantisk explosion på Rymdbron har slukat stora delar av decepticonernas terrorarmé - och Megatron själv i egen hög person. Ändå upptäcker autoboterna att en okänd energonkub är i färd med att förflytta sig nere på jorden. Kan det verkligen vara decepticonerna som smider planer utan sin store ledare? När Optimus Prime och Bumblebee ger sig av för att undersöka det mystiska föremålet upptäcker de något högst oroväckande. En decepticon vid namn Starscream har utnämnt sig själv till Megatrons efterträdare och nu har han kommit till jorden för att väcka en sovande krigare. En krigare som visar sig ha ett mörkt förflutet och ouppklarade affärer... med Optimus Prime! Transformers Prime - Optimus i fara innehåller även berättelsen Transformers Prime - På villovägar!