Kattpojken, Ugglis och Gecko jagar Nattninjan och hans Minininjor och besegrar skurken med lätthet. Men hjältarna blir överdrivet självsäkra på sin egna förmågor och hamnar snart i trubbel när Nattninjan i hemlighet planerar att skaffa sig Pyjamas-krafter själv! Kommer Pyjamashjältarna att kunna besegra Nattninjan ännu en gång?